村民委员会指定监护人的程序主要遵循《中华人民共和国民法典》的相关规定。以下是详细的解答：

一、指定监护人的情形

当对监护人的确定存在争议时，例如被监护人的父母去世或无法履行监护职责，且其他近亲属或依法具有监护资格的人对监护权有争议，这时就需要由被监护人住所地的村民委员会来指定监护人。

二、指定监护人的原则

1. 尊重被监护人的真实意愿：在指定监护人时，应充分考虑并尊重被监护人的意愿，尤其是当被监护人具有一定的认知和表达能力时。
2. 最有利于被监护人的原则：在依法具有监护资格的人中，选择最能为被监护人提供良好生活环境和教育条件的人作为监护人。

三、指定监护人的程序

1. 提出申请：有关当事人（如被监护人的近亲属、其他依法具有监护资格的人或组织）可以向村民委员会提出申请，要求指定监护人。
2. 调查评估：村民委员会在收到申请后，应进行必要的调查评估，了解被监护人的基本情况、监护候选人的资格和能力，以及被监护人的意愿等。
3. 指定监护人：基于调查评估的结果，村民委员会按照最有利于被监护人的原则，在依法具有监护资格的人中指定监护人。
4. 公示与通知：指定监护人后，村民委员会应进行公示，并通知被监护人、监护人及其他相关当事人。
5. 异议处理：如果有关当事人对指定不服，可以向人民法院申请指定监护人，由法院作出最终裁定。

四、临时监护人的设置

在指定监护人前，如果被监护人的人身权利、财产权利以及其他合法权益处于无人保护状态，村民委员会应担任临时监护人，以确保被监护人的基本生活和教育需求得到满足。

五、监护人的责任与义务

监护人被指定后，应依法履行监护职责，保护被监护人的人身权利、财产权利以及其他合法权益。监护人不得擅自变更，如果擅自变更，不免除其监护责任。

综上所述，村民委员会指定监护人的程序是一个严谨而细致的过程，旨在确保被监护人的权益得到最大程度的保护。