在工程合同纠纷中，起诉甲方代表是否有效，这个问题需要从多个角度来分析。
首先，我们要明确的是，在合同纠纷中，通常起诉的是合同的一方当事人，而不是其代表。因为合同是由具有法律主体资格的一方（如公司、个人等）签订的，代表只是代表该方进行合同签订和履行的行为。所以，如果合同出现了问题，应当起诉合同的一方当事人，而不是其代表。
但是，也有几种特殊情况需要注意：
代表的行为构成表见代理或无权代理：如果甲方代表在没有代理权或者超越代理权的情况下与你方签订合同，且你方有理由相信其有代理权，那么这可能构成表见代理或无权代理。在这种情况下，你方可以选择起诉甲方（被代理人）或者其代表（代理人），要求其承担责任。但需要注意的是，选择起诉谁需要根据具体情况和法律规定来判断。
代表的个人行为导致合同纠纷：如果甲方代表在合同履行过程中，以其个人名义或者超出代理权限的行为导致合同纠纷，且这些行为与你方产生了直接的法律关系，那么你方可以考虑起诉该代表个人。但这种情况比较少见，且需要充分的证据来证明代表的个人行为导致了合同纠纷。
公司法人人格否认：在某些极端情况下，如果甲方公司存在法人人格否认的情形（如公司与其股东财产混同、人格混同等），那么你方可以在一定条件下“揭开公司的面纱”，直接起诉甲方的股东或者实际控制人。但这需要满足严格的法律条件，并且需要充分的证据来支持。
综上所述，起诉甲方代表是否有效，需要根据具体的合同纠纷情况和法律规定来判断。在大多数情况下，应当起诉合同的一方当事人（即甲方公司或个人），而不是其代表。但如果存在特殊情况，如代表的行为构成表见代理、无权代理或者个人行为导致合同纠纷等，那么你方可以考虑起诉该代表。不过，在具体操作之前，建议咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询），以确保你的权益得到充分保障。