工程合同起诉时对方不承认合同有效，并不意味着合同就真的无效，合同是否有效需依据法律规定进行判断，若合同有效，则可通过法律途径维护自身权益。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同有效性的判断标准
根据《民法典》的相关规定，合同有效的要件主要包括：
- 行为人具有相应的民事行为能力：即签订合同的双方需具备签订该类型合同的法律资格，如自然人需具备完全民事行为能力，法人需具备相应的经营资质。
- 意思表示真实：合同双方在签订合同时，需是出于真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：合同内容需合法合规，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背社会公德和公共秩序。
若工程合同满足上述要件，则合同有效，对方不承认并不能改变合同的有效性。
二、对方不承认合同有效时的应对措施
收集证据：
- 合同原件：作为最直接的证据，合同原件是证明合同存在及内容的关键。
- 聊天记录、邮件等：若合同签订过程中有通过聊天记录、邮件等方式进行沟通，这些也可作为证明合同真实性的辅助证据。
- 交易凭证：如付款记录、收货单等，可证明合同已实际履行或部分履行。
- 证人证言：若有第三方见证合同签订过程，其证言也可作为证据。
向法院起诉：
- 起诉请求：可向法院起诉请求确认合同效力，要求对方履行合同义务。
- 法律依据：依据《民法典》等相关法律规定，结合收集的证据，向法院主张合同有效。
按判决执行：
- 法院认定合同有效：若法院认定合同有效，对方需按合同约定履行义务，否则需承担违约责任，如赔偿损失、支付违约金等。
- 法院认定合同无效：若法院认定合同无效，则需根据无效合同的处理原则，如返还财产、赔偿损失等，进行后续处理。但这种情况较为少见，除非合同确实存在违法违规等情形。
三、可能面临的法律后果及建议
若合同有效：
- 对方不履行合同：可要求对方继续履行合同，或要求对方承担违约责任，如赔偿损失、支付违约金等。
- 建议：在起诉前，可尝试与对方进行协商，看是否能达成和解。若协商无果，则及时向法院起诉，以维护自身权益。
若合同无效：
- 返还财产：若合同无效，双方需返还因合同取得的财产。
- 赔偿损失：若因合同无效给一方造成损失，另一方需承担赔偿责任。
- 建议：在签订合同时，需确保合同内容合法合规，避免签订无效合同。若已签订无效合同，则需及时与对方协商处理后续事宜，或向法院起诉解决争议。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份工程合同，约定由甲方向乙方支付工程款，乙方负责完成某项工程。后乙方不承认合同有效，拒绝履行合同义务。此时，甲方可收集合同原件、付款记录等证据，向法院起诉请求确认合同效力，并要求乙方履行合同义务或承担违约责任。若法院认定合同有效，则乙方需按合同约定履行义务，否则需承担违约责任。
总结：工程合同起诉时对方不承认合同有效，并不意味着合同就真的无效。合同是否有效需依据法律规定进行判断。若合同有效，则可通过法律途径维护自身权益。在处理此类纠纷时，建议及时收集证据，向法院起诉，并按判决执行。若您在此方面遇到法律问题，可直接向我咨询。