针对您提出的“厂房天窗经司法鉴定不合格怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，当您收到厂房天窗司法鉴定不合格的报告时，应冷静对待，并仔细审查鉴定报告的内容，了解不合格的具体原因和程度。这有助于您后续采取针对性的措施。

接下来，您可以根据以下步骤进行处理：

1. 与鉴定机构沟通：

   • 如果您对鉴定结果有疑问或不明白的地方，可以与鉴定机构进行联系，要求他们解释鉴定结果和不合格的具体原因。
   • 确认鉴定报告的合法性和有效性，确保它是由具有资质的鉴定机构出具的。

2. 评估影响与风险：

   • 根据鉴定报告，评估天窗不合格对厂房使用和安全的具体影响。
   • 考虑是否需要立即采取应急措施，如关闭天窗、设置警示标志等，以防止可能发生的安全事故。

3. 与厂房所有者或管理者协商：

   • 如果您是厂房的承租者或使用者，应与厂房所有者或管理者进行沟通，共同商讨解决方案。
   • 根据租赁合同或相关协议，明确双方的责任和义务，以及维修或更换天窗的费用承担问题。

4. 申请复核或重新鉴定：

   • 如果您对鉴定结果有异议，可以根据相关法律法规（如《深圳市房屋安全鉴定管理办法》第十六条）在收到报告之日起的一定时间内（如十个工作日内）向区主管部门提出申请，要求组织复核或重新鉴定。
   • 复核或重新鉴定的费用承担问题应根据复核或重新鉴定的结果以及相关法律法规来确定。

5. 采取修复措施：

   • 根据鉴定报告的建议和实际情况，制定修复方案。
   • 选择有资质的维修团队进行修复工作，并确保修复质量符合相关标准。

6. 法律途径：

   • 如果天窗不合格是由于设计、施工或材料质量问题导致的，并且造成了您的损失，您可以考虑通过法律途径向相关责任方追究责任并索赔。
   • 在此过程中，建议咨询专业律师以获取法律意见和支持。

最后，为了预防类似问题的再次发生，建议您定期对厂房及其设施进行检查和维护，确保它们的安全性和合规性。同时，在签订租赁合同或相关协议时，应明确双方的责任和义务，以避免因责任不清而产生的纠纷。