单位已支付款项的发票不能随意作废，必须遵循相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一. 法律依据
《中华人民共和国消费者权益保护法》第二十二条：经营者提供商品或者服务，应当按照国家有关规定或者商业惯例向消费者出具发票等购货凭证或者服务单据；消费者索要发票等购货凭证或者服务单据的，经营者必须出具。此条虽主要针对消费者，但也体现了交易中出具发票的严肃性和必要性。
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条：税务机关是发票的主管机关，负责发票印制、领购、开具、取得、保管、缴销的管理和监督。这表明发票的管理和使用受到税务机关的严格监督。
《中华人民共和国发票管理办法》第十九条：所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。此条明确了取得发票的合法性以及不得随意变更发票内容的规定。
《中华人民共和国发票管理办法》第二十条：不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。这进一步强调了发票的合规性要求。
二. 处理指南
已支付款项的发票不能随意作废：一旦发票已经开具并用于支付款项，除非符合法定作废条件（如发票开具错误、退票等），否则不能随意作废。
如需作废，需遵循法定程序：若确实需要作废已开具的发票，应严格按照税务机关的规定办理作废手续，如提交作废申请、提供必要证明材料等。
与收款方协商：如果单位认为已支付的款项有误或需要调整，应与收款方进行协商，看是否可以通过其他方式（如开具红字发票、补开发票等）进行更正，而不是直接作废原发票。
保留相关证据：在处理发票作废问题时，单位应保留好相关证据，如支付凭证、发票原件、作废申请及审批文件等，以备后续查证。
我建议单位在处理已支付款项的发票问题时，应严格遵守相关法律法规，确保发票的合规性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。