诈骗罪主观故意证据不足存疑不诉的理由是：检察机关在审查起诉时，若发现证明犯罪嫌疑人主观上存在诈骗故意的证据不足，无法形成完整的证明体系，或现有证据之间存在矛盾无法排除合理怀疑，根据疑罪从无的原则，应当作出存疑不起诉的决定。具体分析如下：

一. 证据不足是存疑不诉的直接原因

• 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察机关在审查起诉时，必须确保案件事实清楚，证据确实、充分。若证据不足，不能认定被告人有罪，则应当作出相应的不起诉决定。
• 在诈骗罪案件中，若检察机关发现证明犯罪嫌疑人主观上存在诈骗故意的证据不足，如缺乏明确的诈骗动机、诈骗手段的证据，或者现有证据无法形成完整的证明链条，那么检察机关就无法确信犯罪嫌疑人具有诈骗的主观故意。

二. 主观故意是诈骗罪的构成要件之一

• 诈骗罪要求犯罪嫌疑人主观上具有诈骗的故意，即明知自己的行为会发生侵害他人财产的结果，并且希望或者放任这种结果的发生。
• 若检察机关无法确信犯罪嫌疑人具有诈骗的主观故意，那么就无法认定其构成诈骗罪。

三. 存疑不诉是疑罪从无原则的体现

• 疑罪从无是刑事诉讼法的基本原则之一，即在证据不足、无法确信犯罪嫌疑人有罪的情况下，应当作出有利于犯罪嫌疑人的决定。
• 在诈骗罪主观故意证据不足的情况下，检察机关遵循疑罪从无的原则，作出存疑不起诉的决定，是符合法律精神的。

综上所述，诈骗罪主观故意证据不足存疑不诉的理由是检察机关在审查起诉时，发现证明犯罪嫌疑人主观上存在诈骗故意的证据不足，无法形成完整的证明体系或现有证据之间存在矛盾无法排除合理怀疑，根据疑罪从无的原则，应当作出存疑不起诉的决定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。