关于您提到的“民事房屋纠纷四十年前的双方签字协议是否还有效”的问题，这确实是一个涉及协议效力与时间因素关系的复杂问题。以下是我根据您的询问，结合相关法律法规和实际情况，给出的详细解答：
首先，结论上而言，四十年前的双方签字协议是否有效，并非单纯由时间决定，而是需要综合考虑多个因素。
协议内容的合法性：
- 如果协议内容在当时及现在均符合法律法规的规定，没有违反法律禁止性规定，那么协议在合法性方面是没有问题的。
协议形式的合规性：
- 四十年前的协议，可能并没有像现在一样严格的书面形式要求，但如果双方确实以书面形式签字确认，且该形式在当时是被接受的，那么形式上的合规性也是满足的。
协议是否履行：
- 如果协议已经得到双方的履行，且没有产生过任何争议，那么即使过了四十年，协议仍然可能被视为有效。
是否存在法律变更：
- 需要考虑在这四十年间，是否有相关法律法规的变更，这些变更是否影响了协议的效力。如果法律有明确规定某些类型的协议在特定时间后失效，那么就需要根据这些规定来判断。
证据的完整性：
- 协议的效力还需要考虑证据的完整性。如果协议原件保存完好，双方签字清晰可辨，且没有其他证据表明协议存在无效或可撤销的情况，那么协议的有效性就更有保障。
综上所述，四十年前的双方签字协议是否有效，需要综合考虑协议内容的合法性、形式的合规性、是否履行、法律变更以及证据的完整性等多个因素。如果这些因素都表明协议是有效的，那么即使过了四十年，协议仍然具有法律效力。
因此，我建议您：
- 首先检查协议的具体内容，确认其是否合法合规。
- 然后考虑协议是否已经得到履行，以及是否存在任何争议。
- 接着查看在这四十年间是否有相关法律法规的变更，这些变更是否影响了协议的效力。
- 最后确认协议的原件是否保存完好，证据是否完整。
如果您在审查这些方面后仍然无法确定协议的有效性，或者需要进一步的法律帮助，欢迎随时向我咨询。我可以根据您的具体情况，提供更详细的法律分析和建议。