劳动仲裁计算经济补偿时，公司声称未扣个人所得税但实际已代扣代缴的情况，需通过以下步骤进行处理：
一. 核实代扣代缴情况
查看工资条或银行流水：劳动者应查看工资条或银行流水记录，确认公司是否已实际代扣代缴了个人所得税。
与公司财务核对：如劳动者对代扣代缴情况有疑问，可与公司财务部门进行核对，了解具体的扣税记录和计算方式。
二. 了解经济补偿金的扣税规定
经济补偿金与税收的关系：根据《中华人民共和国个人所得税法》及其相关规定，经济补偿金若未超过当地上年职工平均工资3倍的数额，是免征个人所得税的。一旦超过这个标准，就需要按照百分之三至百分之四十五的超额累进税率进行扣税。
代扣代缴义务：用人单位作为支付所得方，负有代扣代缴个人所得税的义务。在支付经济补偿金时，如应缴纳个人所得税，公司应依法代扣代缴。
三. 处理未扣税或扣税争议
如确实未扣税：
与税务部门沟通：如劳动者发现公司确实未代扣代缴个人所得税，应及时与税务部门联系，了解具体的补税流程和计算方法。
补缴税款：按照税务部门的指导，计算应补缴的税款，并尽快完成补缴。
如存在扣税争议：
提供证据证明：如劳动者认为公司扣税不当或存在争议，应提供相关证据（如工资条、银行流水、税务部门出具的扣税证明等）以支持自己的主张。
协商解决：与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
申请劳动仲裁或诉讼：如协商无果，劳动者可申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
四. 建议与预防
加强税务意识：公司应加强对税务法规的学习和了解，确保在支付经济补偿金时依法履行代扣代缴义务。
完善内部机制：公司应建立完善的内部审计机制，定期对经济补偿金的发放和扣税情况进行检查，确保合规性。
保留相关证据：劳动者和公司都应妥善保留与经济补偿金发放和扣税相关的证据，以便在发生争议时能够及时提供证明。
我的观点是，在处理此类问题时，劳动者和公司都应保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。