法院确认建设工程规划许可证违法，意味着该许可证的发放存在法律问题，可能影响到依据该许可证进行的建设工程的合法性。具体分析如下：

一. 许可证的违法性

• 法院确认建设工程规划许可证违法，通常是因为许可证的发放过程中存在违反法律法规的情况，如未按照法定程序审批、审批依据不足、超越职权审批等。
• 例如，如果城乡规划主管部门在发放许可证时，未对建设项目的规划条件进行严格审查，或者未按照法定程序进行公示和听证，就可能导致许可证的发放被法院认定为违法。

二. 对建设工程的影响

• 1. 停工或整改：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。因此，如果许可证被确认违法，相关建设工程可能面临停工或整改的要求。
• 2. 罚款或拆除：对于无法采取改正措施消除对规划实施的影响的建设工程，城乡规划主管部门可能会限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
• 3. 损失赔偿：如果因许可证违法导致建设工程被停工、整改或拆除，建设单位或个人可能会面临较大的经济损失。在这种情况下，建设单位或个人有权向违法发放许可证的部门要求赔偿。

三. 后续处理建议

• 我建议：如果建设工程规划许可证被法院确认违法，建设单位或个人应及时与城乡规划主管部门沟通，了解具体的违法原因和后续处理措施。同时，也可以咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
• 如有必要，建设单位或个人可以提起行政诉讼或行政复议，要求撤销违法的许可证或寻求其他法律救济。

综上所述，法院确认建设工程规划许可证违法是一件严肃的事情，对建设工程及其建设单位或个人都可能产生重大影响。因此，必须认真对待并妥善处理这一问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。