纪委在案件调查中认定的借款，需依据借款事实、证据及法律规定进行综合判断。

一. 借款事实的认定

1. 借款行为的确认：首先，需确认借款行为是否真实发生，包括借款的时间、地点、金额、方式等具体细节。这通常通过审查借款合同、借据、银行转账记录等书面证据来实现。
2. 借款用途的审查：纪委在调查时，会特别关注借款的用途是否合法、合规。若借款被用于非法活动，如贪污、贿赂等，将依法追究相关责任。

二. 证据的收集与审查

1. 书证：如借款合同、借据、银行转账凭证等，是认定借款事实的重要证据。
2. 言词证据：包括借款人和出借人的陈述、证人证言等，也可作为认定借款事实的参考。
3. 电子数据：如电子邮件、短信记录等，若与借款事实相关，也可作为证据使用。

三. 法律规定的适用

1. 民法相关规定：根据《民法典》关于借款合同的规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。纪委在认定借款时，需遵循民法关于借款合同的基本规定。
2. 刑法相关规定：若借款行为涉及刑事犯罪，如诈骗、非法集资等，纪委需依据《刑法》的相关规定进行认定和处理。

四. 综合判断与认定

纪委在综合上述借款事实、证据及法律规定后，将对借款进行最终认定。若借款行为合法、合规，且证据充分，纪委将依法确认借款事实；若借款行为存在违法、违规行为，纪委将依法追究相关责任人的法律责任。

我建议，在纪委进行案件调查时，涉及借款的当事人应积极配合调查，提供真实、完整的证据材料，以便纪委能够准确、公正地认定借款事实。如有进一步需要，您可以继续咨询我。