对方已付款但你发票未给全的情况下，你应首先审视合同约定，积极与对方沟通，及时补开发票，以避免法律风险及税务合规问题。

一. 法律角度分析

1. 合同约定：

   • 查阅双方签订的合同，明确合同中关于发票开具的时间、数量及与付款的关联条款。
   • 若合同明确约定在收到款项后需开具全额发票，而你未完全履行，则可能构成违约，对方有权依据合同条款追究你的违约责任。

2. 税务合规性：

   • 发票是税务管理的重要凭证，未全额开具发票可能导致税务记录不完整，引发税务部门的关注。
   • 如被税务部门查处，可能面临补税、罚款等税务风险。

二. 对你方的建议

1. 沟通协商：

   • 主动与对方取得联系，说明发票未给全的原因，如发票数量不足、开票系统故障等。
   • 与对方协商补开发票的时间、方式，确保双方对补开发票的事宜达成一致。

2. 及时补开发票：

   • 根据双方协商的结果，及时补开缺失的发票，并确保发票内容真实、准确。
   • 如因特殊原因无法立即补开，应向对方提供明确的补开时间表和解决方案。

3. 留存证据：

   • 保留与对方的沟通记录、合同文本及发票开具的相关证据。
   • 这些证据在后续可能的纠纷处理中至关重要，能够证明你的诚意和行动。

4. 考虑法律风险：

   • 如与对方无法通过协商达成一致，应充分考虑法律风险。
   • 对方可能会通过发送催票函、提起诉讼等方式追讨发票。
   • 一旦进入诉讼程序，需积极应诉，根据法院的要求提供证据、进行答辩等。

5. 税务合规处理：

   • 确保发票开具与税务申报的一致性，避免税务违规风险。
   • 如有必要，可咨询专业税务顾问或会计师，以确保税务处理的合规性。

我建议你尽快与对方沟通协商，明确补开发票的事宜，并确保在约定的时间内完成补开。同时，加强内部管理，确保未来在收到款项后能够及时、准确地开具全额发票，以避免类似的法律风险及税务合规问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。