综合工时制度下，劳动者加班的，用人单位需按照法律规定支付加班费。具体算法如下：

1. 工作日加班：按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。例如，若劳动者的小时工资为20元，则工作日加班的每小时加班费为20元×150%=30元。
2. 休息日加班：按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付加班费。若无法安排补休，则需支付此标准的加班费。例如，若劳动者的小时工资为20元，则休息日加班的每小时加班费为20元×200%=40元。
3. 法定节假日加班：支付不低于工资300%的报酬。例如，若劳动者的小时工资为20元，则法定节假日加班的每小时加班费为20元×300%=60元。

这些规定均来源于《中华人民共和国劳动法》第四十四条，该条规定了用人单位在特定情况下需支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬，具体标准如上所述。

我建议用人单位在计算和支付综合工时制度下的加班费时，应严格按照法律规定执行，以确保劳动者的合法权益得到保障。同时，劳动者也应了解自己的权益，如认为加班费支付存在问题，可及时与用人单位沟通或向相关部门投诉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。