在文物保护单位进行建设工程的处罚主体并不一定是施工方。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 处罚主体的确定

1. 依据法律法规：根据《文物保护法》的相关规定，对于在文物保护单位进行建设工程的行为，其处罚主体并非固定为施工方。法律条文中并未明确指出施工方是唯一的处罚对象。
2. 实际情况分析：在实际操作中，处罚主体可能因具体情况而异。例如，如果建设单位（如开发商或业主）明知故犯，指使施工方在文物保护单位进行违法建设，那么建设单位也应承担相应的法律责任。同样，如果设计单位、监理单位等参与方存在违法行为，也可能成为处罚对象。

二. 施工方的责任

1. 施工方的直接责任：施工方作为实际执行建设工程的主体，如果未经批准擅自在文物保护单位进行建设，无疑应承担相应的法律责任。这包括可能的罚款、停工整改等处罚措施。
2. 施工方的间接责任：即使施工方是按照建设单位的指示进行建设，但如果未对建设项目的合法性进行充分审查，或者未及时发现并报告违法行为，也可能因未尽到应有的注意义务而承担一定的责任。

三. 其他相关方的责任

1. 建设单位的责任：建设单位作为项目的发起者和组织者，对项目的合法性负有首要责任。如果建设单位明知或应知项目涉及文物保护单位却仍然推进，将承担严重的法律后果。
2. 设计、监理等单位的责任：这些单位在项目建设过程中也扮演着重要角色。如果它们未能履行好各自的职责，如设计单位未按照文物保护要求进行设计，监理单位未对违法行为进行有效监督等，也可能因此受到处罚。

综上所述，在文物保护单位进行建设工程的处罚主体并不一定是施工方，而是可能涉及包括施工方、建设单位、设计单位、监理单位在内的多个参与方。具体责任应根据各参与方的行为、过错程度以及法律法规的规定来综合判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。