刑事申诉案件发现原审诉讼程序违法的，应视具体情况由相关法院或检察院依法处理，可能涉及重新审判或指令再审等。具体分析如下：

一. 各级人民法院院长的处理

• 依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十四条，各级人民法院院长对本院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现在认定事实上或者在适用法律上确有错误，必须提交审判委员会处理。

二. 最高人民法院和上级人民法院的处理

• 同样依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十四条，最高人民法院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民法院对下级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有权提审或者指令下级人民法院再审。

三. 最高人民检察院和上级人民检察院的处理

• 依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十四条，最高人民检察院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民检察院对下级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有权按照审判监督程序向同级人民法院提出抗诉。人民检察院抗诉的案件，接受抗诉的人民法院应当组成合议庭重新审理。

四. 原审诉讼程序违法的特定处理

• 若刑事申诉案件中发现原审诉讼程序存在违法情形，如违反法定程序可能影响公正审判的，相关法院或检察院应依据上述法律规定，对案件进行重新审判或指令再审，以确保案件的公正处理。

综上所述，刑事申诉案件发现原审诉讼程序违法的，应由相关法院或检察院依法进行审查和处理，可能涉及重新审判、指令再审或抗诉等程序，以确保案件的公正性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。