招标代理单位在收到异议函后，应严格按照法律法规规定的程序进行处理，确保招投标活动的公平、公正与透明。以下是具体的处理步骤：

1. 初步审查与记录：

   • 招标代理单位首先应对收到的异议函进行初步审查，确认其是否符合形式要求，如是否为书面形式、是否在中标候选人公示期间内提出等。
   • 同时，应详细记录异议函的接收时间、提出人、具体异议事项及相关证据，确保后续处理的准确性和可追溯性。

2. 转达异议至评标委员会：

   • 经过初步审查后，招标代理单位应及时将异议函转达给评标委员会，并附上相关证据材料。
   • 评标委员会需对异议内容进行详细复查，重新审视评标过程和结果，确保异议得到公正、专业的处理。

3. 暂停招标投标活动：

   • 在异议处理期间，招标代理单位应暂停招标投标活动，直至异议得到妥善解决。
   • 这一措施旨在保障异议处理的公正性和有效性，避免在异议未解决前继续推进招投标活动可能引发的纠纷。

4. 协助调查与核实：

   • 招标代理单位应积极配合评标委员会的调查核实工作，提供必要的协助和资料。
   • 这包括但不限于提供开标记录、评标资料等，以便评标委员会能够全面、客观地了解异议事项的真实情况。

5. 通知招标人并作出答复：

   • 评标委员会完成复查后，招标代理单位应及时将复查结果通知招标人，并根据复查结果作出相应答复。
   • 如果异议成立，招标代理单位应协助招标人依法重新评审或采取其他必要措施；如果异议不成立，则应向异议提出人详细说明理由。

6. 公示处理结果：

   • 招标代理单位应协助招标人将异议处理结果进行公示，接受社会监督。
   • 公示内容应包含异议事项、处理过程、处理结果及理由等，确保招投标活动的公开透明。

7. 存档与备查：

   • 整个异议处理过程应做好记录和存档工作，包括异议函、答复记录、调查报告、处理决定等文件。
   • 这些文件应妥善保存，以备后续查阅和追溯。

我建议招标代理单位在处理异议函时，应严格遵循法律法规和招标文件的规定，确保处理的公正性、合法性和高效性。同时，也应加强与招标人、评标委员会及异议提出人的沟通协作，共同维护招投标活动的良好秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。