在招标投标过程中，如果遇到了超过法定时限提出的异议，处理方式需要遵循一定的法律原则和程序。以下是对这一问题的详细解答：
一、理解法定时限的重要性
首先，必须明确的是，招标投标活动中的法定时限是确保流程顺畅、公平公正的关键。这些时限通常是为了给各方足够的时间来准备、响应和提出异议，同时也是为了维护招标投标活动的效率和稳定性。因此，超过法定时限提出的异议，在处理上会面临一定的限制。
二、超过法定时限异议的处理原则
一般原则：
- 通常情况下，如果异议未在法定时限内提出，招标人或相关行政监督部门可能不再受理该异议。这是因为超过时限的异议可能已经对招标投标活动的正常进行造成了干扰，或者已经失去了及时纠正的意义。
特殊情况处理：
- 尽管有一般原则，但在某些特殊情况下，如异议人能够证明因不可抗力或其他正当理由导致未能按时提出异议，招标人或行政监督部门可能会考虑受理并处理该异议。这需要根据具体情况进行判断，并可能需要异议人提供相应的证明材料。
三、具体处理流程（假设异议被受理的特殊情况）
受理与审查：
- 如果招标人或行政监督部门决定受理超过法定时限的异议，首先需要对异议书进行形式和实质审查，判断其是否符合受理条件（尽管已超时，但需考虑特殊情况）。
调查核实：
- 对于受理的异议，招标人应组织相关人员进行调查核实。这可能包括查阅招投标文件、相关记录，询问相关当事人等，以全面了解异议的背景和事实。
作出答复：
- 在调查核实的基础上，招标人应在合理时间内作出书面答复。答复应明确说明异议是否成立，以及如果成立将采取的纠正措施（如重新评审评标结果或重新招标等）。如果异议不成立，也应书面告知异议人并说明理由。
后续措施：
- 如果异议人对招标人的处理结果不满意，且该异议原本应在法定时限内提出但未提出，那么异议人可能面临更大的举证责任和更严格的审查标准。在这种情况下，异议人可以向有关行政监督部门投诉，但需提供充分的证据和明确的请求。行政监督部门将根据投诉内容进行调查核实，并作出公正的处理决定。
四、法律依据与建议
- 法律依据：处理超过法定时限的异议时，应严格遵循《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例的相关规定。这些法律法规明确了招投标异议处理的基本原则、程序和时限要求。
- 建议：在实际操作中，建议招标人、投标人和其他利害关系人密切关注招投标活动的时限要求，确保在规定时间内提出异议或投诉。如果因特殊情况未能按时提出，应尽快与招标人或行政监督部门沟通，说明情况并提供证明材料，以争取得到合理的处理。
综上所述，超过法定时限的异议在处理上会面临一定的限制和挑战。但无论如何，各方都应秉持公平、公正、合法的原则来处理这类异议，以维护招投标活动的正常进行和各方当事人的合法权益。