刑事案件未结案的情况下，通常不能办理港澳通行证。详细分析如下：

一. 刑事案件未结案对办理港澳通行证的影响

1. 限制出境：根据《中华人民共和国出境入境管理法》第十二条，若个人涉及未了结的刑事案件，被法院或相关司法机关限制出境，则不能办理港澳通行证。刑事案件未结案，通常意味着个人仍处于侦查、起诉或审判阶段，属于被限制出境的情形。
2. 法律明确规定：法律明确规定，有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的，以及因妨害国（边）境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的，都不准出境。刑事案件未结案同样可能触发这些限制条件。

二. 办理港澳通行证的基本条件与审查

• 正常情况下，办理港澳通行证需要满足一定的条件，如持有有效的中国居民身份证，具备前往港澳地区的合法事由，并提交相关申请材料。
• 但在刑事案件未结案的情况下，公安机关出入境管理机构在审查申请材料时，会特别关注申请人的案底性质和是否涉及限制出境的情形。

三. 特殊情况处理

• 若刑事案件未结案，但申请人有紧急事由需要出境，可以尝试向相关司法机关申请临时解除出境限制，但这通常需要严格的审查和批准。

四. 建议与指导

• 我建议，在刑事案件未结案前，最好不要尝试办理港澳通行证，以免因不符合申请条件而被拒绝，并可能面临法律后果。
• 如有特殊需求或疑问，建议咨询当地公安机关出入境管理部门或相关法律专业人士，以获取准确和专业的指导。

综上所述，刑事案件未结案的情况下，由于可能涉及限制出境的情形，通常不能办理港澳通行证。申请人应遵守相关法律法规，等待刑事案件结案后，再根据自身情况和法律规定来判断是否具备办理港澳通行证的资格。