在民间借贷纠纷中，如果借款未还且已超过诉讼时效，借款人未到庭而保证人提出抗辩，处理方式主要依据法律对诉讼时效和保证人责任的规定。

1. 超过诉讼时效的法律后果：

   • 一般情况下，债权超过诉讼时效，债权人将丧失通过诉讼程序强制债务人履行债务的权利，即丧失胜诉权。但这并不意味着债务本身消灭，债务人仍可以自愿履行。
   • 如果借款人未到庭，法院可能会视为其放弃抗辩权利，但并不会直接判决支持债权人的全部诉讼请求，因为还需考虑诉讼时效是否已过的问题。

2. 保证人的抗辩权：

   • 保证人有权基于主债务（即借款关系）的诉讼时效问题提出抗辩。如果主债务已超过诉讼时效，保证人可以主张自己不再承担保证责任。
   • 保证人还可以基于其他法定或约定的抗辩事由进行抗辩，如保证合同无效、保证期间已过、保证方式（一般保证或连带责任保证）的特定规定等。

3. 法院的处理方式：

   • 法院会审查借款关系是否真实存在，以及是否已超过诉讼时效。
   • 法院会审查保证人的抗辩事由是否成立，包括诉讼时效抗辩和其他抗辩事由。
   • 如果法院认定借款关系真实且未超过诉讼时效，或者虽然超过诉讼时效但保证人不能因此免责（如保证人曾明确表示愿意继续承担保证责任），则可能会判决保证人承担相应的保证责任。
   • 如果法院认定借款关系已超过诉讼时效且保证人能够因此免责，则会驳回债权人对保证人的诉讼请求。

4. 建议：

   • 对于债权人而言，应及时行使权利，避免债权超过诉讼时效而丧失法律保护。
   • 对于保证人而言，应充分了解自己的保证责任和风险，并在必要时及时提出抗辩以维护自己的合法权益。

总之，在处理此类案件时，需要综合考虑借款关系、诉讼时效以及保证人的抗辩事由等多个方面。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。