针对您提出的问题“施工过程中损毁的工程结算归入合同还是变更”，首先我们需要明确一点：工程损毁后的结算处理，通常不会简单地归入“合同”或“变更”这一单一范畴，而是需要根据具体情况，结合合同条款、法律规定以及工程实际来综合判断。

1. 合同条款的审查：

   • 首先，应仔细审查施工合同中的相关条款，特别是关于工程损毁、修复、赔偿以及结算方式的约定。
   • 如果合同中明确规定了损毁工程的处理方式（如修复、重做、赔偿等）以及相应的结算规则，那么应按照合同约定执行。

2. 法律规定的考量：

   • 在没有合同约定或合同约定不明确的情况下，需要参考相关的法律法规，如《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》（虽已废止，但相关原理仍适用）以及地方性的建筑管理规定等。
   • 这些法律法规可能会规定工程损毁后的责任划分、赔偿标准以及结算流程等。

3. 工程实际的评估：

   • 还需要考虑工程损毁的具体情况，包括损毁的原因、程度、影响以及修复或重做的可能性等。
   • 根据工程实际，结合合同条款和法律规定，综合评估后确定损毁工程的结算方式。

4. 可能的处理方式：

   • 如果损毁是由于施工方的过错造成的，且合同中有明确的赔偿条款，那么结算时可能会扣除相应的赔偿费用。
   • 如果损毁是由于不可抗力或第三方原因造成的，且合同中有相关的免责条款，那么结算时可能需要按照合同约定的方式进行处理。
   • 在某些情况下，如果损毁工程可以修复或重做，且费用合理，那么结算时可能会包括修复或重做的费用。

综上所述，施工过程中损毁的工程结算并不能简单地归入“合同”或“变更”这一单一范畴，而是需要根据合同条款、法律规定以及工程实际来综合判断。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。