擅自文物保护单位的保护范围内进行建设工程的行政处罚案件，需要的证据主要包括证明违法行为存在的证据、证明违法行为主体资格的证据以及证明行政处罚程序合法的证据。具体分析如下：
一. 证明违法行为存在的证据
- 现场检查笔录：记录现场检查的时间、地点、事件等内容，由执法人员和当事人签名或者盖章。这是直接证明违法行为存在的重要证据。
- 违法建设工程的照片、录像等视听资料：这些资料可以直观地展示违法建设的实际情况，作为违法行为的辅助证据。
- 相关部门的鉴定意见或专家评估报告：如果涉及文物的专业鉴定或评估，这些意见或报告将作为认定违法行为的重要依据。
- 例如，执法人员在现场发现某建设单位在文物保护单位保护范围内进行违法建设，通过拍照、录像等方式固定证据，并制作现场检查笔录，同时邀请文物部门专家进行鉴定，确认建设行为确实违反了文物保护法规。
二. 证明违法行为主体资格的证据
- 建设单位的营业执照、资质证书等证明文件：这些文件可以证明建设单位的主体资格和合法经营情况。
- 法定代表人的身份证明及任职文件：证明法定代表人的身份和其在建设单位中的职务。
- 例如，执法人员在调查过程中，要求建设单位提供营业执照和法定代表人的身份证明，以确认建设单位的合法性和法定代表人的身份。
三. 证明行政处罚程序合法的证据
- 立案审批表、案件调查报告等内部审批文件：这些文件记录了行政处罚案件的立案、调查、审批等程序，证明行政处罚的合法性。
- 行政处罚告知书、决定书等法律文书及送达回证：这些文书记录了行政处罚的内容、依据和送达情况，是证明行政处罚程序合法的重要证据。
- 例如，执法人员在完成调查后，按照程序制作行政处罚告知书，并依法送达给建设单位，告知其违法事实和拟作出的行政处罚决定，同时留存送达回证作为证据。
综上所述，擅自文物保护单位的保护范围内进行建设工程的行政处罚案件，需要全面收集以上三方面的证据，以确保行政处罚的合法性和公正性。我建议执法人员在办理此类案件时，应严格按照法定程序进行，确保每一份证据都真实、合法、有效。如有进一步需要，您可以继续咨询我。