集体土地确实可以通过协议方式进行征收，但这一过程必须严格遵循法律法规，并确保被征收人的合法权益得到充分保障。

首先，征收集体土地需要满足公共利益的需求，如基础设施建设、公共事业发展等。在决定征收前，必须依法履行相关审批手续，并获得有权机关的批准。这是确保征收行为合法性的重要前提。

其次，征收过程中，必须给予被征收土地的所有权人、使用权人公平、合理的补偿。补偿内容通常包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费等。补偿标准应明确、透明，并确保被征收人能够因此获得应有的经济回报。

在签订征收协议时，双方应明确各自的权利与义务。征收方有权按照协议进行土地征收和开发建设，同时也有义务按时支付补偿款、实施安置方案等。被征收方则有权获得合理补偿和安置，同时也有义务配合征收工作、按时交付土地等。

此外，征收协议还应包含违约责任和争议解决机制等条款，以确保双方在协议履行过程中的权益得到充分保障。如果任何一方违反协议约定，都应承担相应的法律责任。

值得注意的是，乡镇政府在一定条件下可以参与征地相关工作，但不能单独决定征地行为。征地需严格按照法定程序进行，乡镇政府在整个征地流程中应履行好配合、协助等义务，确保征地工作合法、有序进行。

总之，集体土地可以通过协议方式进行征收，但这一过程必须遵循法律法规，并确保被征收人的合法权益得到充分保障。在实际操作中，建议咨询专业律师或法律顾问，以确保协议的合法性和有效性。