公司有发票涉及案件时，应首先判断发票的性质及案件的具体情况，然后依据相关法律法规进行处理。
一. 判断发票性质及案件情况
首先，需要明确发票是否合规，是否存在虚开、伪造、变造等情况。同时，要了解案件的具体性质，是涉及税务违法、经济纠纷，还是其他类型的案件。
二. 处理依据
如果发票合规，且案件为经济纠纷：
- 这种情况下，发票将作为证据之一，用于证明交易的真实性和金额。公司应配合相关部门或法院的调查，提供必要的发票和交易记录。
如果发票存在虚开、伪造、变造等情况：
- 依据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，税务机关将没收违法所得，并根据虚开金额大小处以不同额度的罚款。虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。
- 如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。此时，公司应积极配合税务机关的调查，如实陈述事实，提供相关资料，以减轻可能的法律责任。
如果公司涉及注销，且手中有未处理的发票：
- 依据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第十六条，纳税人在办理注销税务登记前，应当向税务机关结清应纳税款、滞纳金、罚款，缴销发票、税务登记证件和其他税务证件。公司应按照规定流程，向税务机关缴销未使用的发票，并结清相关税款和费用。
三. 总结与建议
公司有发票立案时，应首先明确发票的性质和案件的具体情况。根据不同情况，依据相关法律法规进行处理。如果是经济纠纷，发票将作为证据使用；如果发票存在问题，将面临税务机关的处罚，甚至可能追究刑事责任；如果公司涉及注销，应按照规定流程缴销发票。
我建议公司在处理发票相关案件时，应咨询专业律师或税务师，以确保合规处理，避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。