医院一年结余5000万的处理方式需遵循相关法律法规及医院财务管理制度。

一. 医院结余资金的处理原则

医院结余资金的处理应遵循国家财务管理的相关规定，确保资金的合法、合规使用。具体来说，医院结余资金可以用于以下几个方面：

1. 用于医院发展：如购置医疗设备、改善医疗环境、提升医疗服务水平等，以促进医院的长期发展。
2. 用于职工福利：在符合国家规定的前提下，可以适当提高职工待遇，激发职工的工作积极性。
3. 用于社会公益：医院作为社会公益机构，可以将部分结余资金用于社会公益活动，如资助贫困患者、开展健康宣教等。

二. 医院结余资金的具体处理方式

1. 按照医院财务管理制度执行：医院应建立健全财务管理制度，明确结余资金的管理和使用流程。在处理结余资金时，应严格按照制度执行，确保资金的合法、合规使用。
2. 接受相关部门监督：医院结余资金的使用应接受卫生行政部门、财政部门等相关部门的监督，确保资金使用的透明度和公正性。

三. 特别注意事项

医院结余资金属于医院财产，不得私自挪用或用于非法用途。否则，将可能面临法律责任。同时，医院应加强对结余资金的管理和监控，确保资金的安全和有效使用。

综上所述，医院一年结余5000万的处理方式应遵循相关法律法规及医院财务管理制度，确保资金的合法、合规使用。具体处理方式可以根据医院实际情况进行灵活调整，但务必遵循相关规定和制度。如有进一步需要，您可以继续咨询我。