在撤销土地不动产权证书诉讼中，如果法院发现存在土地权属争议，通常会采取以下裁定方式：
首先，法院会中止诉讼程序。因为土地权属争议是撤销土地不动产权证书诉讼的前提和基础，只有明确了土地权属，才能进一步判断不动产权证书是否应当被撤销。因此，在权属争议未解决之前，法院会暂停诉讼程序，等待权属争议的解决。
接下来，法院可能会引导或建议当事人通过以下途径解决权属争议：
协商调解：法院可能会鼓励当事人进行协商，尝试通过和解或调解的方式解决权属争议。这种方式成本较低，效率较高，且能够维护双方当事人的友好关系。
行政确权：如果协商调解无果，当事人可以向相关行政部门申请确权。行政部门会根据相关法律法规和程序，对土地权属进行确认。这一过程中，当事人需要提交相关证据材料，并配合行政部门的调查。
另行提起诉讼：在某些情况下，当事人也可以选择另行提起土地权属争议诉讼。通过诉讼程序，由法院对土地权属进行裁决。这种方式通常适用于协商调解和行政确权均无法解决争议的情况。
最后，待权属争议解决后，法院会恢复诉讼程序。根据权属争议解决的结果，法院会对撤销土地不动产权证书诉讼进行审理和裁决。如果权属争议解决结果支持原告的主张，法院可能会判决撤销不动产权证书；如果权属争议解决结果不支持原告的主张，法院则会驳回原告的诉讼请求。
综上所述，在撤销土地不动产权证书诉讼中，法院发现存在土地权属争议时，会中止诉讼程序，并引导或建议当事人通过协商调解、行政确权或另行提起诉讼等方式解决权属争议。待权属争议解决后，法院再恢复诉讼程序进行审理和裁决。