在土地登记发证后提起行政诉讼，法院发现存在权属争议的情况下，关于赔偿责任的归属，这是一个涉及行政法与物权法交叉领域的问题。以下是对此问题的全面分析：

核心结论：赔偿责任的归属需根据具体情况判断，可能涉及行政机关、当事人双方或多方。

1. 行政机关的责任：

   • 如果权属争议是由于行政机关在土地登记发证过程中的错误或疏忽导致的，如错误登记、未尽职审查等，那么行政机关可能需要承担相应的赔偿责任。这种赔偿通常基于行政赔偿制度，即行政机关因其违法行为给公民、法人或其他组织造成损害时，应承担赔偿责任。

2. 当事人双方或多方的责任：

   • 如果权属争议是由于当事人之间的民事纠纷引起的，如土地使用权转让合同中的争议、继承权纠纷等，那么赔偿责任应由争议双方或多方根据各自的过错程度来承担。这种情况下，赔偿通常基于民事赔偿制度，即当事人因其过错给他人造成损害时，应承担赔偿责任。

3. 综合判断：

   • 在实际案件中，赔偿责任的归属往往需要综合考虑行政机关的行为和当事人之间的民事关系。如果行政机关和当事人双方或多方都有过错，那么赔偿责任可能需要根据各自的过错程度进行分担。

4. 法律程序：

   • 在确定赔偿责任时，需要通过法律程序进行裁决。这包括行政诉讼程序、民事诉讼程序等。在诉讼过程中，当事人需要提供充分的证据来证明自己的主张，并承担相应的举证责任。

5. 建议：

   • 对于涉及土地权属争议的案件，建议当事人及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，制定合适的诉讼策略。
   • 同时，当事人也应积极配合行政机关的调查和处理工作，以便尽快解决权属争议，减少不必要的损失。

综上所述，土地登记发证后提起行政诉讼，法院发现存在权属争议时，赔偿责任的归属需根据具体情况判断。可能涉及行政机关、当事人双方或多方。因此，在处理此类案件时，应综合考虑各种因素，并遵循相应的法律程序进行裁决。