在合同约定中，确实不能违背招投标文件的实质性内容。这一原则主要基于《招投标法》的相关规定以及合同法的精神。

首先，从法律层面来看，《招投标法》第四十六条明确规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”这表明，中标合同的内容必须与招投标文件保持一致，不得对其实质性内容进行变更。

其次，从合同法的角度来看，招投标过程中的招标文件构成要约邀请，投标文件构成要约，而中标通知书则构成承诺。因此，中标合同作为承诺的书面化形式，应当与要约（即投标文件）的内容保持一致。如果中标合同对招投标文件的实质性内容进行了变更，那么这种变更将可能构成对要约的实质性变更，从而影响到合同的成立和效力。

在实际操作中，招投标文件的实质性内容通常包括工程范围、质量标准、工期、价款、结算方式等核心条款。这些条款是招投标双方共同协商并确认的，是合同成立的基础。因此，在中标合同中，这些条款应当得到严格的遵守和执行。

如果中标合同违背了招投标文件的实质性内容，那么可能会引发一系列的法律纠纷和风险。例如，招标人可能会以中标合同违背招投标文件为由，要求确认中标合同无效或解除中标合同；而中标人则可能会因此面临违约责任和赔偿损失等法律后果。

综上所述，在合同约定中不能违背招投标文件的实质性内容，这是法律的要求，也是保障合同双方权益的重要原则。如果您在实际操作中遇到了相关问题或疑虑，可以随时向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。