非工程项目合同约定的内容与招标文件相违背，该合同条款可能无效，但需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
根据《招标投标法》及相关司法解释，无论项目是否属于必须招标的范畴，一旦选择适用招投标程序，就应当严格遵守《招标投标法》的规定。这包括但不限于招标、投标、开标、评标和中标等各个环节，都必须按照法定程序进行，以确保招投标活动的公正性、公平性和公开性。
《招标投标法》第四十六条第一款明确规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”这一规定是贯彻《合同法》（现《民法典》合同编）关于合同订立一般规定的特别规定，旨在维护招投标订约程序的严肃性、有效性及招投标市场的信用和秩序。
二、合同条款与招标文件相违背的后果
合同条款可能无效：如果合同中的某些条款与招标文件中的实质性内容相违背，如工程价款、工期、质量标准等，那么这些条款可能因违反《招标投标法》的规定而无效。这是因为，招投标活动是一种特殊的合同订立方式，其目的在于通过公开、公平、公正的竞争机制，选择最优的中标人，并确保合同内容的确定性和稳定性。
以中标合同作为结算依据：在合同条款与招标文件相违背的情况下，如果双方因此产生纠纷，法院或仲裁机构可能会以中标合同（即招标文件和中标人的投标文件所确定的合同内容）作为结算建设工程价款或其他相关事项的依据。这是为了维护招投标活动的严肃性和权威性，防止当事人通过背离中标合同实质性内容的其他协议来损害国家利益、社会公共利益或他人的合法权益。
三、具体案例与司法实践
从司法实践来看，非必须招标项目但适用招投标程序订立的合同，如果其工程价款等实质性内容与投标文件不一致，法院可能会认定该部分条款无效。例如，在某EPC总承包合同纠纷案中，二审法院就认为，招标投标法第四十三条是规范招投标程序的基本条款，无论是否属于必须招标项目，均应一体适用。非必须招标项目违反该规定，亦可构成因违反《合同法》第五十二条第五项规定（现《民法典》第153条第一款）而使中标无效的法律后果。
四、建议与风险提示
严格遵守招投标程序：对于非必须招标的项目，如果选择适用招投标程序，就应当严格遵守相关法律法规和程序要求，确保招投标活动的合法性和有效性。
审慎审查合同条款：在签订合同时，应当仔细审查合同条款是否与招标文件中的实质性内容相一致，避免出现背离中标合同实质性内容的其他协议。
及时咨询专业律师：如果在招投标活动或合同履行过程中遇到任何法律问题或纠纷，应当及时咨询专业律师，以便得到及时、有效的法律帮助和解决方案。
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