招标文件中合同条款的主要条款，特别是实质性条款，在中标后合同签订阶段是不能更改的。以下是对此问题的详细分析：

一、不可更改的实质性条款

根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条的规定，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这里的实质性条款通常包括：

1. 合同标的：即合同双方权利义务所指向的对象，如工程建设的具体项目。
2. 价款：合同约定的工程价款或报酬，是合同的核心条款之一。
3. 质量：工程建设应达到的质量标准，是衡量工程合格与否的重要指标。
4. 履行期限：合同双方履行各自义务的时间期限，如工程建设的开工和竣工时间。

这些实质性条款在中标后是不允许更改的，因为它们直接关系到招标的公正性、合法性以及合同双方的权益。

二、可更改的非实质性条款及程序

虽然实质性条款不可更改，但在某些情况下，非实质性条款是可以进行修改的。非实质性条款通常包括文件交付格式、具体工作联络方式等，这些条款的修改不会损害其他投标人的权益以及招标的公正性和合法性。修改非实质性条款时，应遵循以下程序：

1. 招标过程中的修改：招标人有权对招标文件中的合同条款进行必要的澄清或者修改，但必须在规定的时间内以书面形式通知所有获取招标文件的潜在投标人。根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第二十一条，澄清或修改的内容若可能影响资格预审申请文件或者投标文件编制的，招标人应当在提交资格预审申请文件截止时间至少3日前，或者投标截止时间至少15日前，以书面形式通知；不足3日或者15日的，招标人应当顺延提交资格预审申请文件或者投标文件的截止时间。

2. 双方协商一致的修改：在招标过程中，如果招标人和投标人双方经协商一致，并且这种更改不违反法律法规的强制性规定，可以对合同条款进行更改。更改需以书面形式进行，并确保所有潜在投标人收到更改通知。

三、修改合同条款的注意事项

1. 合法合规：修改合同条款时，必须严格遵守相关法律法规和招标程序的要求，确保修改的合法性和有效性。

2. 公平、公正、诚实信用：双方应遵循公平、公正、诚实信用的原则进行协商和修改，不得损害任何一方的合法权益。

3. 及时通知与确认：修改后的合同条款应及时通知所有相关方，并确保各方对修改内容达成一致意见。

4. 保留书面记录：在协商和修改合同条款的过程中，应详细记录沟通内容和结果，并保留相关书面文件，以备后续可能出现的纠纷处理。

总结与建议：

招标文件中的合同条款，特别是实质性条款，在中标后合同签订阶段是不能更改的。如果需要对非实质性条款进行修改，必须遵循严格的程序和法律规定，确保修改的合法性、公平性和透明度。因此，在进行合同条款修改时，务必谨慎处理，确保所有操作都符合法律法规的要求。如果您在招标或合同签订过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。