您好，关于您提到的“招标文件前附表与招标文件后附的合同的专用条款有冲突”这一问题，以下是我的详细解答：
核心结论：在招标文件与合同主要条款存在冲突的情况下，通常应以招标文件的条款为准，但这也取决于合同文件中约定的优先顺序。若专用合同条款与招标文件条款不一致，且合同文件未明确优先顺序，则可能需要结合具体情境及法律法规进行综合判断。
分析说明：
合同文件的优先顺序：
- 在许多招投标项目中，合同文件通常包括合同协议书、中标通知书、投标函及其附件（包括招标文件）、专用合同条款及其附件、通用合同条款等。这些文件之间可能存在优先级的关系，通常合同协议书约定条款的效力优于招标文件，而招标文件的条款效力又优先于专用合同条款。
- 因此，当招标文件前附表与后附的合同专用条款发生冲突时，首先应查阅合同文件中关于文件优先顺序的约定，以确定哪个文件具有更高的法律效力。
招投标法的相关规定：
- 根据《招标投标法》的相关规定，合同协议书应以中标承诺来签订，中标承诺即投标文件。合同的内容不得背离投标文件的实质性内容，否则可能构成违约。
- 实质性内容通常包括工程范围、工程工期、工程质量和工程价款等。若招标文件与合同在这些实质性条款上存在冲突，且合同未明确优先顺序，则应以招标文件为准。
非实质性条款的冲突处理：
- 对于非实质性条款的冲突，如价格风险、承包风险等，若合同文件中有明确约定，则按照合同约定执行；若合同文件未明确约定，则可能需要双方协商解决。
法律建议：
- 在处理此类冲突时，建议您首先查阅合同文件中关于文件优先顺序的约定，并仔细核对招标文件与合同专用条款的具体内容。
- 若冲突涉及实质性条款，且合同未明确优先顺序，建议您以招标文件为准，并尽快与对方沟通协商，以避免潜在的法律风险。
- 若冲突无法协商解决，您可能需要寻求法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，处理招标文件前附表与后附的合同专用条款之间的冲突，需要综合考虑合同文件的优先顺序、招投标法的相关规定以及条款的实质性等因素。希望以上解答能对您有所帮助，如有其他问题，请随时向我咨询。