当合同中的通用条款和专用条款发生冲突时，通常以专用条款为准。这是因为专用条款是针对特定合同或特定交易双方的具体情况而制定的，它往往更能体现双方的真实意图和特定需求。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律原则与规定
合同自由原则：在合同法中，合同自由原则是一项基本原则。这意味着合同双方有权根据自己的意愿自由约定合同的内容，包括通用条款和专用条款。当两者发生冲突时，应优先考虑双方通过专用条款所表达的特定意愿。
特别法优于普通法原则：在法律适用上，特别法通常优于普通法。虽然这一原则主要应用于法律条文的冲突解决，但同样可以类比到合同条款的冲突解决上。专用条款作为针对特定合同的特别约定，应优先于通用条款这一“普通法”适用。
二、合同解释与适用
目的解释：在解释合同条款时，应考虑合同的目的和宗旨。专用条款往往是为了满足特定交易的需求而制定的，因此，在解释合同条款时，应倾向于保护专用条款的效力，以实现合同的目的。
整体解释：合同是一个整体，各条款之间应相互协调、一致。当通用条款和专用条款发生冲突时，应从合同的整体出发，考虑各条款之间的逻辑关系，以确定哪个条款更符合合同的整体意图。
三、实际操作与建议
明确条款顺序：在签订合同时，双方可以明确约定通用条款和专用条款的适用顺序。例如，可以在合同中规定：“本合同中的通用条款和专用条款如有冲突，以专用条款为准。”这样的约定可以避免后续争议的发生。
及时沟通协商：如果合同中没有明确约定条款的适用顺序，当通用条款和专用条款发生冲突时，双方应及时沟通协商，寻求共识。通过友好协商，双方可以达成一致意见，从而避免不必要的法律纠纷。
寻求法律救济：如果双方无法就条款冲突达成一致意见，可以寻求法律救济。在这种情况下，法院或仲裁机构将根据合同法的相关规定和合同的具体情况，对条款冲突进行裁决。
四、可能的风险与后果
合同履行障碍：如果通用条款和专用条款的冲突导致合同无法履行或履行困难，双方可能面临违约责任和损失赔偿的风险。
法律纠纷：条款冲突还可能引发法律纠纷，增加双方的时间和成本投入。因此，在签订合同时，双方应尽可能明确条款的适用顺序和含义，以避免后续争议的发生。
总结来说，当合同中的通用条款和专用条款发生冲突时，应以专用条款为准。但为了避免争议和风险的发生，双方在签订合同时应尽可能明确条款的适用顺序和含义。如果遇到具体问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。