公司未经本人签字直接从工资中扣除罚款，这样的做法通常是不合法的。
法律依据与详细分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》也明确指出，用人单位不得随意克扣劳动者工资，除非符合法律规定的代扣情形。
罚款行为的合法性分析：
- 公司并非行政机关，不具备行政处罚权，因此无权对员工进行罚款，除非有明确的法律授权或符合法律规定的特定情况。
- 即便公司制定了罚款制度，该制度也必须经过民主程序制定，向劳动者公示，并且内容必须合理、合法。若制度本身存在问题，则不能作为罚款扣工资的依据。
- 罚款应有明确的证据支持，且原因必须合理、公正，不能仅凭主观判断或随意找理由进行罚款。
扣除工资的合法情形：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但从工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
建议措施
- 与公司沟通：首先尝试与公司进行友好沟通，说明公司扣工资的行为缺乏法律依据，要求返还被克扣的工资。
- 向劳动监察部门投诉：若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权监督检查用人单位的工资支付情况，并可责令用人单位改正违法行为，支付赔偿金。
- 申请劳动仲裁：如问题仍未解决，可收集相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录等），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被克扣的工资及相应的经济补偿。
综上所述，公司在处理罚款和扣工资事宜时，必须严格遵守法律法规，尊重员工的合法权益。如果你面临此类问题，应了解自己的法律地位及维权途径，积极维护自身合法权益。如有需要，可直接向我咨询相关的法律问题。