针对“在职员工得了肺癌公司应该怎么赔偿”这一问题，以下是根据相关法律法规整合的详细解答：
一、癌症与工作无关的情况
医疗期内待遇：
- 员工因患肺癌需要停止工作接受医疗时，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，公司应给予其医疗期，一般为24个月。
- 在医疗期内，公司应支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
- 公司在此期间不得随意解除劳动合同。
医疗期满后的处理：
- 若员工医疗期满后能够从事原工作或公司另行安排的工作，则继续在公司工作并按正常工资待遇支付。
- 若员工不能从事原工作也不能从事公司另行安排的工作，公司可提前30日以书面形式通知员工本人或额外支付1个月工资后解除劳动合同，并支付经济补偿金。经济补偿金按员工在本单位工作的年限计算，具体为：每满1年支付1个月工资；6个月以上不满1年的，按1年计算；不满6个月的，支付半个月工资的经济补偿。
二、癌症被认定为职业病的情况
认定流程：
- 员工需进行职业病诊断，向用人单位所在地、本人户籍所在地或经常居住地的职业病诊断机构提出申请。
- 诊断机构出具职业病诊断证明书，确认肺癌是否为职业病。
赔偿项目：
- 工伤保险待遇：若公司依法为员工缴纳了工伤保险，员工可享受医疗费用、康复费用、住院伙食补助费、交通食宿费、辅助器具费、停工留薪期工资等。停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。若员工因职业病死亡，其近亲属可领取丧葬补助金、一次性工亡补助金和供养亲属抚恤金。
- 民事赔偿责任：若公司存在过错导致员工患职业病，除工伤保险待遇外，公司还需承担医疗费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等民事赔偿责任。
三、其他注意事项
- 公司责任：公司在处理患癌症员工问题时，必须遵循法律法规，确保员工合法权益得到保障。不得因员工患病而歧视或违法解除劳动合同。
- 员工关怀：公司应给予员工必要的关怀和支持，包括提供心理支持、协助申请相关救助等。
- 养老保险：若员工因肺癌去世且公司已为其缴纳养老保险，遗属可领取丧葬补助金和抚恤金，由基本养老保险基金支付；若公司未缴纳养老保险，则由公司按照相关法律法规承担相应责任。
综上所述，员工在职期间患肺癌的赔偿问题涉及多个方面，包括医疗期内待遇、医疗期满后的处理、职业病认定与赔偿等。公司需根据具体情况依法承担赔偿责任，并确保员工的合法权益得到充分保障。