农村信用社柜员私扣客户公户存折是违法的。以下是对此问题的详细分析：
一. 私扣客户公户存折的法律性质
侵犯财产权：
- 农村信用社柜员未经客户同意，私自扣除客户公户存折中的资金，直接侵犯了客户的财产权。根据我国现行法律的规定，公民的合法的私有财产不受侵犯，禁止任何单位和个人侵占、哄抢、破坏。
违反合同约定：
- 客户与农村信用社之间建立的是合同关系，农村信用社应遵守合同约定，为客户提供相应的金融服务。未经客户同意私自扣款，违反了合同精神，构成了违约行为。
二. 相关法律法规依据
《中华人民共和国民法典》：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。农村信用社柜员在未经客户同意的情况下私自扣款，显然侵犯了客户的财产权益，因此应当承担相应的侵权责任。
《中华人民共和国会计法》：
- 《中华人民共和国会计法》第五条规定，任何单位或者个人不得以任何方式授意、指使、强令会计机构、会计人员伪造、变造会计凭证、会计帐簿和其他会计资料。如果农村信用社柜员在私扣客户资金的过程中涉及伪造、变造会计凭证等行为，还可能触犯《中华人民共和国会计法》等相关法律法规，面临行政处罚甚至刑事责任。
三. 应对措施与建议
立即联系银行：
- 客户发现农村信用社柜员私自扣款后，应第一时间联系农村信用社客服，了解扣款原因，并要求立即退还非法扣款的金额。
保留证据：
- 客户应保存好相关的银行交易记录、对话记录等证据，以备后续维权之需。
投诉与举报：
- 若农村信用社未能及时解决问题，客户可向相关监管部门如银保监会进行投诉和举报。
法律途径：
- 如问题无法得到妥善解决，客户可考虑通过法律途径维护自身权益，向法院提起诉讼。
我的观点：农村信用社柜员私扣客户公户存折是严重的违法行为，不仅侵犯了客户的财产权，还违反了相关法律法规。客户在遭遇此类情况时，应积极采取措施维护自身合法权益，必要时可寻求法律帮助。