货车司机在特定情况下被隔离是合法的。具体分析如下：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国传染病防治法》第三十九条：医疗机构发现甲类传染病时，有权采取一系列措施，其中包括对病人、病原携带者进行隔离治疗，以及对疑似病人和密切接触者进行隔离或医学观察。这一条款为隔离措施提供了法律基础。

二. 情况分析

1. 货车司机是病人或病原携带者：如果货车司机被确诊为甲类传染病（如某些高传染性病毒）的病人或病原携带者，那么根据《中华人民共和国传染病防治法》第三十九条，医疗机构有权对其采取隔离治疗措施，以防止病情传播。

2. 货车司机是疑似病人或密切接触者：如果货车司机被怀疑为甲类传染病的疑似病人，或者与病人、病原携带者有密切接触，那么同样根据该法律条款，医疗机构可以在指定场所对其进行单独隔离治疗或医学观察。

三. 结论

综上所述，在货车司机被确诊为甲类传染病的病人、病原携带者，或者被怀疑为疑似病人、密切接触者的情况下，对其进行隔离是合法的。这是为了保障公共卫生安全，防止疫情扩散而采取的必要措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。