自建房包给公司后，公司转包是不合法的。

在建设工程领域，转包是指承包单位承包建设工程后，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的全部建设工程转给他人或者将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转给其他单位承包的行为。根据《建筑法》第二十八条的明确规定，承包单位不得将其承包的全部建筑工程转包给他人，也不得将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。

因此，如果你作为自建房的业主，将工程包给某家公司后，该公司却将工程转包给其他单位，这种行为是违法的。你可以要求该公司履行合同约定的责任和义务，或者向相关部门举报其违法行为。

在处理此类问题时，建议你保留好相关合同和证据，以便在需要时维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。