在总承包合同中，如果协议书与专用条款不符，我们首先需要明确的是，专用条款通常会优先于通用条款（包括协议书中的通用性约定）适用。这是因为专用条款是发包人与承包人根据具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，它是对通用条款的具体化、补充或修改。以下是对这一问题的详细分析：
合同文件解释顺序：
- 在多数建设工程施工合同中，会明确约定合同文件的解释顺序。通常，专用条款会排在通用条款之前，这意味着在两者不一致时，应优先适用专用条款。
- 例如，某些合同可能会规定：“合同文件及解释顺序为：1. 协议书；2. 专用条款；3. 通用条款；……”这样的条款明确指出了在合同文件之间发生冲突时的解决顺序。
法院裁判观点：
- 在实际案例中，法院也倾向于优先适用专用条款。例如，广东省佛山市中级人民法院、黑龙江省高级人民法院以及上海市高级人民法院等均在相关判决中明确指出了这一点。
- 这些判决认为，当专用条款和通用条款就同一事项作出约定的内容不一致时，应首先以当事人明确约定的合同文件解释顺序为准，即优先适用专用条款。
法律建议：
- 在签订总承包合同时，应仔细审查合同文件，确保协议书、专用条款和通用条款之间的一致性。
- 如果发现不一致之处，应及时与对方协商并明确约定优先适用的条款。
- 在合同履行过程中，如遇到因条款不一致而产生的争议，应首先参考合同中的解释顺序条款，并据此确定适用的条款。
- 如果合同中没有明确的解释顺序条款，或者争议无法通过协商解决，可以考虑寻求法律途径解决争议。
综上所述，当总承包合同中的协议书与专用条款不符时，我们应根据合同中的解释顺序条款或者法院裁判观点，优先适用专用条款。同时，在合同签订和履行过程中，应尽可能避免条款之间的不一致性，以减少潜在的争议和风险。