当您在协议书中发现专用条款与协议书其他部分存在不一致时，这确实是一个需要仔细处理的问题。以下是我为您提供的详细分析和建议：
一、专用条款的优先性原则
专用条款，作为合同双方根据具体项目或交易需求，对通用条款进行具体化、补充或修改的部分，它更能体现双方的特殊需求和真实意思表示。因此，在大多数情况下，当专用条款与协议书其他部分存在不一致时，专用条款具有优先效力。
二、合同中的冲突解决约定
明确约定优先：首先，您应仔细审查合同，查看其中是否明确规定了协议书与专用条款冲突时的处理方式。如果合同中有明确规定，比如“专用条款优先于协议书其他部分”，那么您应遵循这一约定。
无明确约定时的处理：若合同中没有相关约定，那么您应依据专用条款的优先性原则进行处理。但在此过程中，还需考虑合同的整体解释原则。
三、合同的整体解释原则
在解释合同条款时，您不能仅关注不一致的部分，而应综合考虑合同的所有相关条款，包括上下文、合同目的、交易习惯等因素。同时，遵循诚信原则，确保合同解释符合双方的合理预期和公平原则。
四、特殊情况与例外
特定合同类型：对于某些特定类型的合同，如建设工程施工合同，可能包含多个部分并约定了优先解释顺序。在这种情况下，您应严格按照合同约定的顺序来解释和执行。
法律法规的强制性规定：专用条款的约定不能违反法律法规的强制性规定。如果专用条款的约定存在违反法律法规的情况，那么该约定可能无效，您需要依据法律法规或通用条款来处理。
五、实际履行与交易目的
在实际操作中，您还需结合双方的实际履行情况和交易目的进行综合判断。如果专用条款的适用会导致显失公平或违背双方的真实意图，那么您可能需要重新审视并调整解释方式。
六、建议与总结
充分沟通：在处理此类问题时，建议双方充分沟通，明确各自的需求和意图，以达成共识。
明确约定冲突解决机制：为避免未来可能出现的纠纷，建议在合同签订前明确约定冲突解决机制，如“专用条款优先于协议书其他部分，但不得违反法律法规的强制性规定”等。
仔细审查合同条款：在合同签订前，应对各项条款进行仔细审查和评估，确保合同的合法性和有效性。
综上所述，当协议书与专用条款不一致时，您应首先查看合同中是否有明确的冲突解决约定。若无明确约定，则一般应遵循专用条款的优先性原则，但还需综合考虑合同的整体解释原则、特殊约定以及法律法规的强制性规定。希望这些建议能对您有所帮助。