针对同一份协议书的不同约定分两个案由起诉的情况，法院会根据具体的合同条款、案件事实以及法律规定来综合判断并作出裁决。以下是对此问题的详细分析：
一. 合同的基本性质与效力
- 合同定义：根据《中华人民共和国民法典》第四百六十四条，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。这意味着，合同中的每一条约定都可能构成独立的民事法律关系。
- 合同效力：依法成立的合同，自成立时生效，但法律另有规定或当事人另有约定的除外（《中华人民共和国民法典》第五百零二条）。因此，若同一份协议书中的不同约定均依法成立，则它们各自具有独立的法律效力。
二. 案由的确定与诉讼
- 案由定义：案由是法院对诉讼案件所涉及的法律关系的性质进行概括后形成的案件名称。同一份协议书中的不同约定，如果涉及不同的法律关系或法律事实，则可能构成不同的案由。
- 分案起诉：若原告认为同一份协议书中的两个不同约定分别构成了两个独立的法律关系，且这两个法律关系之间不存在必然的牵连关系，那么原告可以选择分两个案由起诉。法院在受理时，会根据原告的诉讼请求和提供的证据材料，对案由进行审查并确定。
- 法院裁决：在审理过程中，法院会分别对每个案由进行审理，根据合同条款、案件事实以及法律规定来综合判断并作出裁决。如果两个案由之间存在关联，法院可能会在判决中予以说明，但并不会因此将两个案由合并为一个。
三. 实际案例与理解
- 例如，一份协议书中既包含了房屋买卖的约定，又包含了借款的约定。如果原告认为这两个约定分别构成了房屋买卖合同关系和借款合同关系，且这两个关系之间不存在必然的牵连关系，那么原告可以选择分别就房屋买卖合同和借款合同提起两个诉讼。法院在审理时，会分别对每个诉讼进行审理，并根据相关法律规定和案件事实作出裁决。
我的观点：在同一份协议书中存在不同约定的情况下，是否分两个案由起诉取决于这些约定是否构成了独立的法律关系以及它们之间是否存在必然的牵连关系。如果原告认为这些约定分别构成了独立的法律关系且没有牵连关系，那么可以选择分两个案由起诉。但具体如何裁决还需由法院根据案件事实和法律规定来判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。