在劳动仲裁阶段，一般不可以将自然人独资有限公司股东一并列为被申请人。下面我将从多个角度对此进行解释：

1. 劳动仲裁的基本原则：

   • 劳动仲裁主要解决的是劳动者与用人单位之间的劳动争议。根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动仲裁的被申请人通常是与劳动者存在劳动关系的用人单位。
   • 自然人独资有限公司的股东，除非其个人与劳动者存在直接的劳动关系（如以个人名义雇佣劳动者），否则一般不作为劳动仲裁的被申请人。

2. 特定情形下的例外：

   • 在某些特定情形下，如股东未实缴出资、滥用公司法人独立地位和股东有限责任导致公司丧失独立承担责任能力，损害劳动者权益等，股东可能会被视为与用人单位承担连带责任，进而在劳动仲裁中被列为被申请人。但这些情形需要具体的证据和法律依据来支持。

3. 仲裁协议的要求：

   • 仲裁案件要求当事人之间有仲裁协议或相应的仲裁条款。如果自然人独资有限公司的股东并未与劳动者签订仲裁协议，那么将其列为被申请人将缺乏法律依据。

4. 实务操作中的考虑：

   • 在实务操作中，劳动仲裁委员会通常会严格依据法律规定和仲裁协议来确定被申请人。如果劳动者试图将自然人独资有限公司的股东一并列为被申请人，但缺乏充分的法律依据和证据支持，那么其申请可能会被劳动仲裁委员会驳回。

综上所述，劳动仲裁阶段一般不可以将自然人独资有限公司股东一并列为被申请人。如果劳动者认为股东应对用人单位的债务承担连带责任，可以通过其他法律途径（如诉讼）来维护自己的权益。同时，劳动者在申请劳动仲裁前，应仔细审查自己的劳动关系和仲裁协议，确保被申请人的确定符合法律规定和仲裁要求。