结论前置：跟员工的租车协议公司抬头，通常应当按照发工资的公司来填写，即协议中的公司抬头应与实际支付工资、与员工存在劳动关系的公司保持一致。
详细分析：
在劳动工伤（工资福利）的语境下，员工与公司之间的租车协议，其实质是员工与公司之间就车辆使用达成的一种民事协议。这种协议虽然不属于典型的劳动合同，但仍然受到劳动法律法规的间接影响，特别是当协议内容涉及到员工的工资、福利或工作相关事宜时。
公司抬头的确定：
- 租车协议中的公司抬头，应当是与员工存在实际劳动关系、负责支付员工工资的公司。这是因为，租车协议很可能是员工为了完成工作任务或履行工作职责而与公司达成的，因此协议的主体应当是实际用工的公司。
- 如果协议中的公司抬头与实际支付工资的公司不一致，可能会引发一系列的法律问题，如协议的有效性、责任的承担等。
法律后果：
- 如果公司抬头填写错误，可能导致协议无效或产生歧义，进而影响到员工的权益保护。例如，在发生车辆损坏或交通事故时，员工可能面临无法获得公司赔偿的风险。
- 此外，错误的公司抬头还可能引发劳动纠纷，如员工认为公司存在欺诈行为或未履行应尽的义务，从而提起劳动仲裁或诉讼。
建议：
- 在签订租车协议时，员工和公司应当仔细核对协议中的公司抬头，确保其与实际支付工资的公司一致。
- 如果存在疑问或不确定的情况，建议咨询专业的劳动法律顾问或律师，以避免潜在的法律风险。
综上所述，跟员工的租车协议公司抬头应当按照发工资的公司来填写，以确保协议的有效性、合法性和员工的权益保护。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。