关于挂靠施工中税费的法院判决问题，这确实是一个复杂且具体的法律问题，涉及到建工挂靠案件中的税费承担。以下是对此问题的详细解答：
一、纳税义务人的确定
在挂靠施工关系中，依据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》的相关规定，被挂靠人（如A公司）通常为法律上的纳税义务人。即使挂靠双方（A公司和B公司）在合同中约定税款由挂靠方（B公司）承担，这种约定也不能对抗法律规定。税务机关在追缴税款时，只会向被挂靠人追责。
二、税款支付与抗辩
税款支付：
- 无论工程款是否直接打入被挂靠人的账户，被挂靠人在法律上仍负有缴纳税款的义务。这是因为税法规定的是基于法律形式的纳税义务，而非实际的经济利益流向。
A公司的抗辩：
- A公司以未收到施工款为由进行抗辩，在实践中通常不被接受。因为从税收角度来看，发包人、违法分包人、实际施工人之间完成了工程款的瞬间转移，即工程款被视作先进入被挂靠人账户，再由被挂靠人转给挂靠人账户。因此，A公司仍具有纳税义务。
三、法院判决与追偿
法院判决：
- 在司法实践中，挂靠类建工合同、内部委托协议等因违反法律规定而无效。法院在处理此类案件时，会综合考虑多种因素，如挂靠合同的效力、双方过错程度、实际支付税款的情况等。
- 对于已经支付的税款，如果挂靠人（B公司）实际承担了一部分或全部，法院可能会根据合同约定和实际情况，认可被挂靠人（A公司）的追偿权。
- 然而，对于未支付的税款或追偿请求，法院可能会在判决中不予处理，或建议当事人在税款支付后再另行主张权利。
追偿风险：
- 被挂靠人在缴纳税款后想要从挂靠人处获得追偿，面临较大的法律风险。因为挂靠行为本身违反了建筑市场的法律法规，法院在处理时往往会采取更为严格的立场。
- 此外，如果挂靠合同无效或未明确约定税款承担方式，或者挂靠人未实际支付税款，被挂靠人的追偿权将面临更大挑战。
四、建议与总结
- 遵守法律法规：企业和个人在从事建筑活动时，应严格遵守相关法律法规，避免采用挂靠等违法手段。
- 加强内部管理：企业应建立健全的财务管理制度和税务筹划机制，确保合法合规经营。
- 及时沟通：对于已经存在的挂靠关系，企业应积极与税务机关沟通，及时履行纳税义务，并妥善处理与挂靠人之间的经济纠纷。
- 关注法律动态：随着法律制度的健全和司法实践的积累，相关问题的认定标准也将逐渐明确和统一。因此，企业和个人应及时关注法律动态和司法判例的变化情况。
综上所述，挂靠施工中关于税费的法院判决问题是一个复杂且具体的法律问题。在实际操作中，应综合考虑法律规定、司法实践以及具体案件情况来做出判断和处理。