纪委让退违法款后，是否还会立案，这并非一个绝对确定的结果，而是取决于多种因素。下面我将从几个角度进行详细分析：

1. 退款与立案的关系：

   • 退款通常是纪委在调查过程中，发现存在违法款项后，要求相关人员将违法所得退回的一种措施。退款本身并不直接决定是否会立案。
   • 立案是司法机关（如公安机关、检察机关）根据掌握的证据，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，依法决定进入刑事诉讼程序的一个环节。

2. 影响立案的因素：

   • 证据的充分性：如果纪委在调查过程中掌握了充分的证据，证明存在犯罪事实，且该事实需要追究刑事责任，那么即使退款，司法机关也可能决定立案。
   • 犯罪的严重性：对于严重的犯罪行为，即使退款，也可能无法避免立案。因为退款只是减轻了犯罪情节，但并不能消除犯罪本身。
   • 退款的态度和时机：如果退款是在纪委调查之前或初期，且退款态度积极、真诚，可能会被视为有悔罪表现，对立案产生一定影响。但如果是在调查深入、证据确凿后才退款，其影响可能较小。

3. 法律后果：

   • 如果司法机关决定立案，那么相关人员将面临刑事诉讼程序，可能包括侦查、起诉、审判等阶段。
   • 如果最终被判有罪，将可能面临刑罚处罚，如拘役、有期徒刑、罚金等。

综上所述，纪委让退违法款后是否还会立案，取决于多种因素的综合考虑。因此，建议相关人员在面临此类情况时，应积极配合纪委的调查，如实陈述事实，积极退款，以争取更好的处理结果。同时，也可以咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对策略。