针对“经过民主程序的绩效制度但员工不同意”这一问题，首先我们要明确的是，即便绩效制度已经过了民主程序，也仍然有可能存在员工不同意的情况。以下是我对此问题的全面分析：

1. 制度合法性检查：

   • 首要任务是全面检视绩效考核制度是否符合相关法规，是否严谨细致明晰，并且在制定过程中是否真正秉承了民主原则并已向全体员工详细公布。这是确保制度合法性的基础。

2. 员工申诉权利：

   • 如果制度本身并未存在任何明显瑕疵，那么应当赋予员工申诉的权利。要求员工填写详实的书面文件，清楚陈述反对该项制度的缘由以及支持自身观点的论据。这是保障员工权益的重要环节。

3. 管理者举证责任：

   • 作为人力资源管理者，有责任对照评审结果呈现出相关的证明材料，如提供客观公正的工作业绩数据、详尽无遗的工作表现记录等。这是确保绩效考核公正性的关键。

4. 争议解决方式：

   • 如果各方始终未能达成共识，可能需要借助调解或仲裁的方式来解决争议。在这个过程中，用工单位务必保证严格遵循公平、公正、合理之道，以免因滥用权力而遭到法律追究。

5. 法律后果与责任：

   • 用工单位在处理此类问题时，必须严格遵循法律条文及企业规章制度，重视证据保存与程序正当性。否则，可能会因滥用终止劳动合同之权力而承担相应的法律责任。

综上所述，即便绩效制度已经过民主程序，但员工仍有可能不同意。在这种情况下，用工单位应当全面检视制度的合法性，保障员工的申诉权利，承担举证责任，并遵循公平、公正、合理的原则处理争议。如果问题无法内部解决，可以考虑通过调解或仲裁等法律途径来寻求解决方案。