收到对方保险公司代位追偿的短信时，您可以按照以下步骤进行回复和处理：

一、确认短信内容

首先，请仔细阅读短信内容，确保您完全理解代位追偿的含义以及对方保险公司的意图。代位追偿通常发生在保险事故中，当责任方不履行赔偿责任时，受害方可以向自己的保险公司申请代位追偿，由保险公司先行赔付并代位行使受害方对责任方的赔偿请求权。

二、核实事故责任

在回复短信之前，请务必核实事故责任是否清晰，并且确保对方保险公司已经认定责任方。如果事故责任存在争议，或者对方保险公司尚未完成责任认定，建议您先与对方保险公司或相关部门沟通确认。

三、回复短信

在确认事故责任无误后，您可以回复短信表示已知悉代位追偿事宜，并表达您的配合意愿。回复时，请保持礼貌和客观，避免使用过于情绪化或攻击性的言辞。您可以这样回复：“已收到贵公司关于代位追偿的短信，我对事故责任认定无异议，愿意配合贵公司进行后续处理。”

四、了解代位追偿流程

为了更好地配合对方保险公司的工作，您可以主动了解代位追偿的具体流程。这通常包括提供相关资料、签署代位追偿协议、等待保险公司赔付等步骤。了解流程后，您可以更加有针对性地准备相关材料，并跟进处理进度。

五、保持沟通畅通

在代位追偿过程中，保持与对方保险公司的沟通畅通非常重要。如果您有任何疑问或需要协助，请及时与对方保险公司联系。同时，也请留意对方保险公司的回复和指示，确保您能够按照要求及时完成相关手续。

六、注意保护自身权益

虽然代位追偿是一种便捷的赔偿方式，但您仍需注意保护自身权益。在签署任何文件或提供任何信息之前，请务必仔细阅读并理解相关内容。如果您对代位追偿协议或赔偿方案有任何异议，建议及时咨询专业律师或法律机构以获取帮助。

总之，收到对方保险公司代位追偿的短信时，您应保持冷静并仔细阅读短信内容。在确认事故责任无误后，回复短信表示配合意愿，并主动了解代位追偿流程。同时，保持与对方保险公司的沟通畅通，并注意保护自身权益。