农业企业发生事故时，处理责任主要依据事故的性质、严重程度以及相关法律法规来确定。一般来说，农业企业事故的处理涉及多个部门和机构，以下是根据《农业生产安全事故报告办法》及相关法律法规，对农业企业事故处理责任主体的详细解答：

1. 企业内部处理：

   • 事故发生后，农业企业的负责人应立即启动应急预案，组织抢救，防止事故扩大，并保护事故现场。
   • 企业负责人需及时、准确、完整地向事故发生地县级以上人民政府农业行政主管部门和安全生产监督管理部门报告事故情况。

2. 农业行政主管部门处理：

   • 地方各级人民政府农业行政主管部门负责本行政区域内农业生产安全事故的报告工作。
   • 接到事故报告后，农业行政主管部门应按规定逐级上报事故情况，并参与事故的调查处理。

3. 安全生产监督管理部门处理：

   • 安全生产监督管理部门是负责安全生产监督管理的政府部门，也参与农业企业事故的处理。
   • 安全生产监督管理部门将依据相关法律法规对事故进行调查，确定事故责任，并提出处理建议。

4. 其他相关部门处理：

   • 根据事故的具体性质，可能还涉及消防、环保、公安等其他相关部门。
   • 这些部门将根据其职责范围，参与事故的调查处理，并提供必要的支持和协助。

综上所述，农业企业发生事故时，应由企业内部负责人首先组织抢救并报告事故；同时，地方各级人民政府农业行政主管部门和安全生产监督管理部门将依据其职责参与事故的处理。此外，根据事故的具体性质，还可能涉及其他相关部门的参与。如果您在农业企业事故处理方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。