自愿加班申请书或承诺书的合法性，并非是一个绝对的概念，而是需要根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细解答：
合法性的判断依据
员工真实自愿：
- 自愿加班申请书必须是员工在完全自愿、无胁迫、无欺诈的情况下签署的。如果员工是在受到单位的威胁、误导或其他不公平手段的影响下签署的，那么该申请书将被视为无效。
双方协商一致：
- 用人单位与员工之间需要就加班事宜进行充分的协商，并达成一致意见。这包括加班的时间、地点、工作内容以及加班报酬等。
内容不违反法律法规：
- 自愿加班申请书的内容必须遵守国家的劳动法律法规，特别是关于加班时间和报酬的规定。例如，加班时间不得超过法律规定的上限，加班报酬也必须按照法定标准支付。
合法与不合法的具体情况
合法的情况：
- 员工在充分了解加班安排和报酬后，自愿签署加班申请书，且加班时间、报酬等均符合法律法规要求。
- 特殊行业或紧急情况下，员工出于职业责任感和自身发展考虑，主动承诺加班，并依法获得加班报酬。
不合法的情况：
- 员工在受到胁迫、欺诈等不公平手段影响下签署的加班申请书。
- 加班时间超过法律规定的上限，或者加班报酬低于法定标准。
- 用人单位以自愿加班为名，实际上变相强制员工加班。
员工权益保护
对于员工而言，如果面临不合理的加班要求或自愿加班申请书的不合法条款，可以采取以下措施保护自己的权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，明确加班的具体安排和报酬，争取达成合理协议。
- 拒绝并保留证据：如果用人单位提出不合理的加班要求，员工有权拒绝，并应保留相关证据以备后续使用。
- 投诉或仲裁：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁委员会进行仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，自愿加班申请书的合法性取决于多个因素，包括员工的自愿性、双方的协商情况以及内容的合法性。用人单位应严格遵守劳动法规，合理安排工作时间和支付加班费；而员工也应了解自己的权益，并采取适当措施保护自身利益。