针对你提出的问题，即“审计一个项目，无协议只有收费通知单，因为对方公司原因无法签订协议怎么办”，以下是我的详细解答：

首先，核心结论是：在无法签订协议的情况下，你需要评估风险，并采取一系列措施来保障自身权益，包括但不限于与对方公司沟通、收集证据、寻求法律救济等。

接下来，我从几个具体角度展开说明：

1. 与对方公司沟通：

   • 尝试了解对方公司无法签订协议的具体原因，是出于何种考虑或存在何种障碍。
   • 表明你对项目的重视，以及签订协议对于双方合作的重要性。
   • 探讨是否有其他替代方案，如签订简化版协议、备忘录或确认书等，以明确双方的权利和义务。

2. 收集并保存证据：

   • 保留收费通知单作为已提供服务的证据。
   • 收集与对方公司沟通的记录，包括邮件、短信、通话记录等。
   • 如果可能，收集项目执行过程中的相关文件、报告、数据等，以证明你方已履行相关义务。

3. 评估风险并采取措施：

   • 分析无法签订协议可能带来的法律风险，如对方公司违约、拖欠款项等。
   • 根据风险评估结果，决定是否继续执行项目或采取其他措施来降低风险。
   • 如果决定继续执行项目，可以考虑要求对方公司提供其他形式的担保或保证，如预付款、保证金等。

4. 寻求法律救济：

   • 如果对方公司存在违约行为或拖欠款项等情况，你可以考虑通过法律途径来维护自身权益。
   • 可以咨询专业律师（如我），了解具体的法律救济途径和程序，如起诉、仲裁等。
   • 在采取法律行动之前，务必确保已收集到充分的证据来支持你的主张。

5. 后续合作与防范：

   • 对于未来的合作，建议在签订正式协议之前进行充分的调查和了解，以避免类似情况的发生。
   • 可以在协议中明确约定违约责任、争议解决方式等条款，以更好地保障双方权益。

综上所述，面对无法签订协议的情况，你需要保持冷静并采取积极的措施来应对。通过沟通、收集证据、评估风险并寻求法律救济等途径，你可以有效地维护自身权益并降低潜在的法律风险。如果你有任何进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。