针对你提出的问题，即“法院已立案，但已归还部分欠款，余额双方达成协议，但在协议时间内没按时归还”，以下是我的详细解答：

核心结论：若双方在协议时间内未按时归还剩余欠款，债权人可以向法院申请恢复对原生效法律文书的执行，或者根据新情况重新起诉，要求债务人履行还款义务。

具体分析：

1. 协议的法律效力：

   • 双方达成的协议，如果内容合法、意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议具有法律效力。
   • 协议一旦生效，双方都应按照约定履行自己的义务。如果债务人未按协议约定的时间归还剩余欠款，则构成违约。

2. 债权人的权利：

   • 债权人可以向法院申请恢复对原生效法律文书的执行。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果债务人未履行和解协议，债权人可以向法院申请恢复对原生效法律文书的执行。
   • 债权人也可以根据新情况重新起诉，要求债务人履行还款义务。这适用于协议内容发生变更或者债务人完全未履行协议的情况。

3. 债务人的责任：

   • 债务人应按照协议的约定履行还款义务。如果未按约定时间归还剩余欠款，债务人将承担违约责任，并可能面临法院强制执行的风险。
   • 如果债务人的行为构成拒不执行判决、裁定罪，还可能被追究刑事责任。

4. 后续行动建议：

   • 债权人应与债务人进行沟通，了解其未按时还款的原因，并尝试通过协商找到解决方案。
   • 如果协商无果，债权人应及时向法院申请恢复执行或重新起诉，以维护自己的合法权益。
   • 在整个过程中，债权人应保留好相关证据，如协议、转账记录等，以便在需要时提供证明。

综上所述，如果双方在协议时间内未按时归还剩余欠款，债权人可以采取多种法律手段来维护自己的合法权益。建议你及时与债务人进行沟通，并根据实际情况采取相应的法律行动。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。