纪委查员工经商办企业时，可以向其投资企业发函确认。这一做法在实务中是可行的，但需要注意以下几点：

1. 法律依据：纪委作为党内监督机构，有权对党员和公职人员的违纪违法行为进行调查。在调查过程中，为了核实相关事实，纪委可以向相关单位和个人发函询问或要求提供有关材料。这种发函行为并不违反法律法规，且是纪委履行监督职责的一种方式。

2. 发函的正当性：纪委向员工投资的企业发函确认，通常是为了核实员工是否存在经商办企业的行为，以及该行为是否违反了党纪国法或单位规定。这种发函行为具有正当性，是为了维护党纪国法的严肃性和单位的正常管理秩序。

3. 注意事项：

   • 程序合规：纪委在发函前，应确保调查程序的合规性，遵循相关法律法规和党内规定，避免侵犯被调查人的合法权益。
   • 内容明确：发函时应明确函件的目的、要求提供的信息内容、回复期限等，以便企业能够及时、准确地提供所需信息。
   • 保密原则：纪委在调查过程中应严格遵守保密原则，不得泄露被调查人的隐私和商业秘密，确保调查工作的公正性和严肃性。

4. 企业的配合义务：作为被调查员工的投资企业，在收到纪委的函件后，有义务按照函件要求提供相关信息和协助调查。如果企业拒绝配合或提供虚假信息，可能会承担相应的法律责任。

综上所述，纪委在调查员工经商办企业行为时，可以向其投资企业发函确认。但应确保调查程序的合规性、发函内容的明确性以及遵守保密原则，同时企业也有义务配合纪委的调查工作。如果您或您的企业面临此类情况，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。