企业微信发起的离职申请流程，在符合一定条件下是合法的。

首先，根据《劳动合同法》的规定，劳动者有权提前30天（试用期内为3天）以书面形式通知用人单位解除劳动合同。这里的“书面形式”并不仅限于传统的纸质文件，根据《电子签名法》的相关规定，能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，也视为符合法律、法规要求的书面形式。因此，通过企业微信等电子方式提交的离职申请，只要其内容明确表达了离职的意愿，并符合法律规定的提前通知期限，就可以视为有效的离职申请。

然而，还需要注意的是，虽然电子形式的离职申请在法律上是有效的，但在实际操作中，为了确保流程的合规性和避免潜在的纠纷，建议劳动者在提交电子离职申请后，尽量与用人单位的人事部门或相关负责人进行确认，确保对方已经收到并理解了离职申请的内容。

此外，离职申请提交后，劳动者还需要按照用人单位的规定和流程办理离职手续，包括工作交接、财务结算等。用人单位也有义务在劳动者离职时结清工资，并办理相关离职手续。

总的来说，企业微信发起的离职申请流程在符合法律规定的条件下是合法的。但为了确保流程的顺利进行和避免潜在的纠纷，建议劳动者在提交离职申请后与用人单位进行充分的沟通和确认，并按照规定办理离职手续。